Die 36 niederbayerischen Krankenhäuser mit insgesamt ca. 7.200 Betten bieten ein differenziertes medizinisches Versorgungsangebot; 20 Häuser der Versorgungsstufen I und II stellen eine flächendeckende Grundversorgung im gesamten Regierungsbezirk sicher; 4 Schwerpunktkliniken der Versorgungsstufe III halten eine umfassende Hochleistungsmedizin vor. Beispiele dafür sind:

Das Klinikum Deggendorf ist Standort der einzigen neurochirurgischen Fachabteilung im Regierungsbezirk. Diese ist nach dem neuesten Stand der medizinischen Technik ausgerüstet und verfügt z.B. über Navigationssysteme zur Computer assistierten Chirurgie im Bereich des Gehirns und der Wirbelsäule.

Mit der herzchirurgischen Abteilung am Klinikum Passau, Lehrkrankenhaus der TU München, verfügt der Regierungsbezirk über eine moderne Spezialeinheit, in der alle Operationen von angeborenen und erworbenen Herzerkrankungen im Erwachsenenalter durchgeführt werden können. Ein Schmerzzentrum bietet qualifizierte und interdisziplinäre Hilfe für Patienten, die unter chronischen Schmerzen leiden.

An den hochmodernen strahlentherapeutischen Abteilungen der Kliniken Landshut und Passau erhalten Krebspatienten die bestmögliche Therapie.


In enger Zusammenarbeit der Geburtshilfestationen der Krankenhäuser mit den Kinderkliniken werden in den Perinatalzentren in Landshut und Passau werdende Mütter mit Risikoschwangerschaften und Risiko-Neugeborene hoch qualifiziert und interdisziplinär betreut.


Zur Optimierung der Behandlung von Patienten mit Schlaganfall arbeiten mehrere niederbayerische Kliniken am Projekt TEMPIS mit; hierbei sind die teilnehmenden Häuser unter Einbeziehung moderner Informationstechnologie mit den Schlaganfallzentren der Klinik München-Harlaching und der Universitätsklinik Regensburg vernetzt. Den Patienten steht damit vor Ort das gebündelte Wissen anerkannter Experten unmittelbar zur Verfügung. Das Klinikum Passau verfügt zudem über eine überregionale Spezialstation zur Schlaganfallversorgung, eine sog. „Stroke unit“.


Die Brustzentren an den Kliniken Landshut, Eggenfelden und Deggendorf bieten mit ihren Spezialeinheiten zur Behandlung von Brustkrebs, in denen Experten verschiedener Disziplinen unter einem Dach zusammenarbeiten, die besten Voraussetzungen, betroffene Frauen optimal zu behandeln und deren Heilungschancen und Lebensqualität zu erhöhen.


Die hervorragende stationäre pädiatrische Versorgung im Regierungsbezirk stellen die Kinderkliniken in Landshut und Passau sowie die Kinderabteilung (mit 60 Betten) des Klinikums Deggendorf sicher. Alle 3 Häuser verfügen über neonatologische Intensivbehandlungsplätze und führen den Neugeborenen-Notarztdienst durch.
Den Kinderkliniken Landshut und Passau sind sozialpädiatrische Zentren angegliedert, die im ambulanten Bereich eine hoch qualifizierte Betreuung von Kindern mit vielfältigen chronischen Erkrankungen anbieten.


An den Bezirkskliniken in Mainkofen, Landshut und Passau werden in einem abgestimmten Versorgungskonzept Patienten der Fachgebiete Psychiatrie, Kinder- und Jugendpsychiatrie, Psychotherapie, Forensische Psychiatrie, Neurologie und Neurologische Rehabilitation behandelt.
Das Bezirkskrankenhaus Mainkofen verfügt über ein modernes und großzügig ausgestattetes Therapiezentrum mit verschiedensten Angeboten, u.a. auch Kunst- und Musiktherapie. Im dortigen Zentrum zur neurologischen Frührehabilitation kümmert sich ein Team verschiedenster, bestens qualifizierter Fachspezialisten um Patienten mit schweren Schädelhirnverletzungen. Das dabei zu Anwendung kommende ganzheitliche Konzept soll helfen, wieder eine selbstständige Lebensführung zu ermöglichen.


Die 11 Fachkrankenhäuser im Regierungsbezirk Niederbayern bieten ein spezialisiertes und spezifisches medizinisches Angebot mit hervorragender Qualität an. Beispiele dafür sind:
Die Schlossklinik Rottenburg wurde als erste Fachklinik für geriatrische Rehabilitation in Bayern anerkannt und bereits 2 x mit dem Bayer. Klinikförderpreis ausgezeichnet.
Die Orthopädische Klinik der Universität Regensburg im Bayerische Rheuma- und Orthopädiezentrum in Bad Abbach garantiert eine Versorgung auf universitärem Spitzenniveau und bietet ebenso hoch qualifizierte medizinische Behandlung im Bereich Rheumatologie.
Mit der Fachklinik für Amputationsmedizin in Osterhofen verfügt der Regierungsbezirk in Niederbayern über ein hoch spezialisiertes und im Bundesgebiet einzigartiges Behandlungszentrum für arm- und beinamputierte Menschen. Neueste wissenschaftliche Erkenntnisse und ein ganzheitlicher Ansatz bieten eine bestmögliche Versorgung für diese Patientengruppe.
Das Krankenhaus für Ganzheitsmedizin und die Inntalklinik in Simbach a. Inn stellen ein Versorgungszentrum im Bereich der Psychosomatik für Patienten aus dem gesamten Bundesgebiet dar; beide Kliniken decken mit mehr als 200 Betten und unterschiedlichsten Therapieverfahren das gesamte Spektrum der psychosomatischen Medizin ab.

Im Regierungsbezirk Niederbayern und hier insbesondere in den Kurorten haben auch zahlreiche Rehabilitationskliniken mit verschiedenen Fachabteilungen, u.a. für Orthopädie, Neurologie und Innere Medizin aus, ihren Standort.
Diese sind durchwegs sehr gut ausgestattet und leisten moderne Rehabilitations-medizin. Besonders hervor zu heben ist in diesem Zusammenhang die Spezialklinik für Neurologische und Neuropsychologische Rehabilitation in Mainkofen, die Patienten mit Hirnverletzungen und deren verschiedenartigen Folgen mittels spezieller Therapieprogramme begleitet.